Na začiatku 16. storočia začalo Uhorsko a celá stredná Európa zreteľne zaostávať za západnou Európou. Feudalizmus sa tu upevnil, mestá začali stagnovať. Právny poriadok Opus Tripartitum z roku 1516 rozšíril výsady šľachty a odňal osobnú slobodu poddaným roľníkom. Tí boli pripútaní k pôde „na večné časy“, nesmeli sa sťahovať, narástli ich povinnosti, obmedzila sa ich ľudská dôstojnosť. Preto sa zvykne 16. – 18. storočie označovať za tzv. druhé nevoľníctvo.
Po porážke Uhrov pri Moháči (1526), kde zahynul aj mladý kráľ Ľudovít II., sa v Podunajsku definitívne stala novým mocenským faktorom Osmanská ríša. Čoskoro si pripojila južné a centrálne oblasti Uhorska, Sedmohradsko sa stalo jej vazalským kniežatstvom.
Kráľovské Uhorsko sa zúžilo na Slovensko a pás územia pri rakúskych hraniciach. Práve tieto oblasti a ich obyvateľstvo znášalo hlavnú ťarchu protitureckého boja. Na južnom Slovensku, hranici „kresťanského a moslimského sveta“, sa budovala proti ďalšiemu prenikaniu Turkov obranná línia – asi 70 hradov a moderných renesančných pevností. Najznámejšou a najvzácnejšou z nich je dodnes Komárno ležiace na oboch stranách Dunaja. V týchto oblastiach sa zdržiavali žoldnieri z celej Európy.
Hlavným mestom Uhorska sa stala na 260 rokov Bratislava (1534 – 1784), z Budína sa do nej presťahovali centrálne uhorské úrady, až na výnimky zasadal v nej snem (1563 – 1848) a konali sa korunovácie kráľov (1563 – 1830). Najvyšší cirkevný hodnostár krajiny uhorský primas sa z Ostrihomu presťahoval na tri storočia do Trnavy.
Na uhorský a český trón zasadli rakúski Habsburgovci, ktorí začali integrovať strednú Európu do podoby veľkej multietnickej ríše. Centralistická politika a absolutizmus Habsburgovcov vyvolávali u uhorskej šľachty odpor. Pomery ešte komplikovala náboženská situácia.
V 16. storočí sa rozšírila medzi Slovákmi a Nemcami reformácia luteránskeho smeru (medzi Maďarmi predovšetkým kalvinizmus). Pridala sa k nej veľká väčšina obyvateľov, vrátane aristokracie a kráľovských miest. Na začiatku 17. storočia vďaka palatínovi J. Thurzovi sa v Žiline a Spišskom Podhradí konštituovala v Uhorsku evanjelická cirkev. Náboženský dualizmus nevyvolával spočiatku veľké spory. Keď však začali Habsburgovci a katolícka cirkev presadzovať rekatolizáciu a centralizmus, aj Uhorsko sa v 17. storočí zmenilo na arénu náboženských a stavovských bojov.
Uhorská a sedmohradská aristokracia reagovala – aj za podpory Turkov – radikálnymi ozbrojenými vystúpeniami. Slovenskom sa počas tohto storočia prehnalo z východu na západ päť protihabsburských stavovských povstaní a odhalilo sa jedno veľké sprisahanie. Šľachtickí povstalci požadovali zachovať svoje privilégiá (nezdaniteľnosť, právo voliť uhorského kráľa, zvolávanie snemov), nezávislosť Uhorska a zároveň obhajovali náboženské slobody protestantov. Často však vystavovali katolíkov podobnému prenasledovaniu ako rekatolizácia protestantov.
Náboženské súperenie však nepriamo napomohlo rastu úrovne vzdelania. Centrom rekatolizácie v Uhorsku a vzorovým barokovým mestom sa stala Trnava, kde vznikla v roku 1635 jezuitská univerzita. Podobná univerzita pôsobila i v Košiciach. Budovali sa tiež katolícke a evanjelické gymnáziá (lýceá) a mestské školy. Kvalitou vynikalo najmä evanjelické kolégium v Prešove. Rozšírilo sa aj používanie domáceho jazyka vo vyučovaní, v úradovaní na panstvách, v cechoch, literárnej tvorbe. Medzi vzdelancami stúpal záujem o poznanie minulosti Slovákov, začala sa pestovať veľkomoravská tradícia. Popri latinčine, nemčine, maďarčine používala časť vysokej a strednej šľachty aj slovenčinu.
Porážka Turkov pri Viedni (1683) dala impulz k vytlačeniu Turkov z celého Uhorska. Roku 1711 porazili Habsburgovci aj posledné a najväčšie stavovské povstanie Františka II. Rákociho (Rákoczi). Konečne nastalo pokojné obdobie. Uhorsko však bolo dlhými bojmi značne zničené a vyčerpané. Úrodná Dolná zem na jeho juhu bola poloprázdna. Preto sa od konca 17. storočia začali na ňu z rôznych oblastí krajiny legálne i tajne sťahovať masy roľníkov, vrátane slovenských. Získavali tu novú pôdu, väčšie slobody, zakladali nové a dosídľovali staré obce a postupne vytvárali početné, rôzne veľké slovenské enklávy.
Slovenský etnický priestor sa tak zväčšil, zároveň začala stúpať etnická pestrosť územia Slovenska. Po rozdelení Poľska sa na ňom usadzovali Židia a v 19. storočí, hlavne v jeho 2. polovici, na základe maďarizácie a modernizácie prudko narastal počet Maďarov.
V 18. storočí sa najmä panovníci Mária Terézia a Jozef II. pokúsili prebudovať svoju nesúrodú ríšu na jednotný štát a odvážnymi osvietenskými reformami po vzore Západu sa ju usilovali modernizovať. Vďaka investíciám cisárskej Viedne v stredoslovenskej oblasti opäť prekvitalo baníctvo drahých kovov, použil sa v ňom rad nových technických vynálezov. Zakladali sa manufaktúry, zaviedli sa základy povinnej školskej dochádzky. V Banskej Štiavnici vznikla prvá vysoká banská škola na svete (1763). Jozef II. zrušil nevoľníctvo roľníkov, protestantom a ortodoxným kresťanom priznal náboženské a občianske práva. Nezdarom sa však skončil jeho pokus zaviesť aj v Uhorsku všeobecné zdanenie, oslabiť privilégia uhorskej šľachty, poštátniť verejnú správu v Uhorsku a tak ho pevnejšie integrovať do monarchie.
V 18. storočí si šľachta budovala pohodlné kaštiele na dedinách a paláce v mestách. Veľký stavebný ruch zažívala najmä Bratislava. Za Jozefa II. sa však hlavným mestom Uhorska stal opäť Budín, kde sa presťahovali z Bratislavy hlavné úrady, z Trnavy univerzita. Celkovo začal narastať význam Budína, Pešti a centrálnych oblastí Uhorska, naopak, dôležitosť Bratislavy a územia Slovenska, kde žilo v tomto období vyše 2 milióny ľudí, začala klesať.