Tradícia ochrany pamiatok na Slovensku patrí medzi najstaršie v Európe. Začala sa formovať v prvej polovici 19. storočia, keď územie Slovenska bolo súčasťou rakúsko-uhorskej monarchie. Iniciátormi zachovania historických pamiatok boli nielen historici, stavitelia, archeológovia, zberatelia, učitelia, lekári, prírodovedci, inžinieri, ale aj romantickí literáti a cirkevní hodnostári. Maďarská vedecká akadémia rozvinula niekoľko akcií na záchranu uhorských pamiatok, ktoré boli sústredené najmä na území dnešného Slovenska. Zákon o ochrane pamiatok sa však pre nevôľu vlády, cirkvi a šľachty nepodarilo presadiť.
Prelomovou udalosťou bolo sformovanie Cisárskej a kráľovskej centrálnej komisie na výskum a zachovanie stavebných pamiatok (Centrálna komisia), ktorá vznikla koncom roka 1850 vo vtedajšom hlavnom meste habsburskej monarchie Viedni. Ako prvý oficiálny pamiatkový orgán pôsobila na území Slovenska do roku 1872. Okrem praktického konzervovania a reštaurovania pamiatok rozvíjala dejiny umenia ako samostatnú vednú disciplínu. Vtedy vznikli prvé odborné práce o historických stavbách na Slovensku, aj prvý regionálny súpis pamiatok. Princípy obnovy pamiatok sa vyvíjali priamo v praxi. Snaha zachovať všetko, čo bolo na starom dobré, teda aj stavebné a výtvarné prejavy minulých storočí, sa bila s romantizujúcimi metódami rekonštrukcie pamiatok, ktoré presadzovali najvýznamnejší architekti a umelci tej doby. Centrálna komisia sa od začiatku prikláňala k metóde konzervácie a rešpektovala nové myšlienky prevencie a ochrany pamiatok. Jej pripomienky sa však často nerešpektovali.
Reštaurovanie, dotváranie a prestavovanie pamiatok v duchu ideálnej gotiky, ktorá sa považovala za vrchol európskeho umenia, neobišlo ani pôsobenie Uhorskej pamiatkovej komisie. Vznikla v roku 1872 pri Ministerstve kultu a výučby v Budapešti a až do konca prvej svetovej vojny a rozpadu habsburskej monarchie bola hlavnou inštitúciou pamiatkovej starostlivosti na území Slovenska. Funkcionári a členovia Uhorskej pamiatkovej komisie dozerali na pamiatkové akcie a kontrolovali stavebné, reštaurátorské a umelecko-remeselné práce. Zároveň ovplyvňovali rozdeľovanie štátnych subvencií. Veľkú pozornosť venovali grafickému, výtvarnému a fotografickému dokumentovaniu pamiatok. Stredobodom ich záujmu bola sakrálna architektúra a stredoveké nástenné maľby, ale aj hrady a zámky, radnice a meštianske domy, mestské opevnenia a brány. Komisia sa pričinila aj o záchranu mnohých hnuteľných umeleckých pamiatok. Žiaľ, niektoré boli natrvalo vyvezené z územia Slovenska a umiestnené v cudzích galériách a múzeách.
Prvým skutočne slovenským pamiatkovým orgánom, ktorý bol vytvorený po vzniku Československej republiky a po upevnení československej štátnej moci, bol Vládny komisariát na ochranu pamiatok na Slovensku, v roku 1923 premenovaný na Štátny referát na ochranu pamiatok na Slovensku (Štátny referát). Bol zriadený v októbri 1919 nariadením č. 155/1919, ktoré vydal minister s plnou mocou pre správu Slovenska Vavro Šrobár. Štátny referát mal široké kompetencie, bez jeho zvolenia sa nemohli prestavovať, reštaurovať ani demolovať budovy postavené pred rokom 1850. Spolurozhodoval pri stavbách ciest, železníc, tovární a pri tvorbe moderného mestského urbanizmu. Do jeho kompetencií patrili nielen monumentálne sakrálne a profánne stavby, umelecké a historické pamiatky, ale aj ľudové, prírodné, cirkevné, cechové a technické pamiatky, archeologické vykopávky a muzeálne predmety, historické knižnice a archívy. Značnú časť agendy tvoril dozor nad vývozom starožitností za hranice štátu, ktorý sa rozmohol v nebývalej miere a súvisel s veľkou migráciou vlastníkov pamiatok. Súčasťou práce bola aj popularizácia pamiatok, tvorba výstav a publikácií, snaha o zachovanie tradičných pohľadov, pôdorysov a dominánt. Právne normy však neboli dokonalé. Neexistovali napríklad žiadne trestné sankcie, ktoré by postihovali ničenie pamiatok. Stanoviská pamiatkarov zostávali často len na papieri.
Ochrana pamiatok na území Slovenska v rokoch 1919 – 1945 nebola ľahká. Pamiatkový fond bol veľmi rozsiahly, no až na výnimky sa nachádzal v žalostnom stave. Väčšina obyvateľstva Slovenska zápasila s chudobou a negramotnosťou, existenčné problémy oveľa viac prevyšovali problémy kultúrne. Nedostatok finančných prostriedkov, zo štátnych i súkromných zdrojov, nedovoľoval rozvinúť väčšie pamiatkové akcie. Obnovovali sa najmä dedinské románske a gotické kostoly a menšie mestské kostoly, menej sa investovalo do hradov a hradných ruín, hradieb a kláštorov. Veľká pozornosť sa venovala aj archeologickým vykopávkam. Za najväčší úspech Štátneho referátu sa pokladá záchrana drevených kostolov na východnom Slovensku. Aj v reštaurovaní prevládali diela so sakrálnou tematikou (oltáre, obrazy, plastiky, nástenné maľby). Reštaurovali sa aj sochárske diela a pamätníky v exteriéri miest a dedín. Stále však zostávalo mnoho pamiatok, na ktoré sa nenašli finančné prostriedky.
Ťažké bolo aj profesionálne postavenie pamiatkarov. Medzi málopočetnou slovenskou inteligenciou bol nedostatok kvalifikovaných odborníkov. Chýbala odborná literatúra, neexistoval súpis pamiatok, ktoré sa majú chrániť, všetok spisový i dokumentačný materiál Uhorskej pamiatkovej komisie bol v Budapešti. Prví slovenskí pamiatkari preto začínali s čistým stolom.
Prvým prednostom Štátneho referátu bol architekt Dušan Jurkovič (1868 – 1947). Obnovu pamiatok si však predstavoval ako tvorivú architektonickú činnosť, čo sa nezhodovalo s moderným chápaním ochrany pamiatok. V roku 1922 ho vo funkcii nahradil český historik umenia Jan Hofman (1883 – 1944), ktorý sa venoval nielen odborným problémom ochrany pamiatok, ale sa stal aj veľkým popularizátorom pamiatkového fondu Slovenska a Podkarpatskej Rusi (dnes súčasť Ukrajiny). Dobre si uvedomoval, že bez podpory širokej slovenskej verejnosti sa mu bude ťažko dôsledne presadzovať postoje pamiatkara v prostredí, kde sa zákonnými dedičmi kultúrneho bohatstva krajiny cítili Maďari a Nemci. Tieto národy v Československej republike stratili svoje vládnuce postavenie a vedeli využiť aj najmenšiu chybu predstaviteľov československých úradov a inštitúcií na zdrvujúcu kritiku. V metodologickej oblasti sa Jan Hofman pridŕžal viedenskej školy Maxa Dvořáka a Aloisa Riegeleho, ktorá začiatkom 20. storočia určila celej Európe trend v ochrane pamiatok, a síce metódu konzervácie. Podstatnou pamiatkovou hodnotou bola hodnota veku.
Naproti tomu ďalší český pracovník Štátneho referátu, architekt a historik umenia Václav Mencl (1905 – 1978), išiel pri pamiatkových akciách ešte ďalej a pri reštaurovaní a obnove slohových prvkov z rôznych historických období sa nebál ich analytickej prezentácie. Jeho výskumné, dokumentačné a syntetické práce sú dodnes základným prameňom pri skúmaní sakrálnej, ľudovej a mestskej architektúry a urbanizmu.
Maliarstvo a sochárstvo, ako aj stavebné pamiatky obdobia baroka a umenie 19. a 20. storočia boli v popredí záujmu slovenského historika umenia Vladimíra Wagnera (1900 – 1955), ktorý bol hlavným slovensky cítiacim pamiatkarom od roku 1927 až do svojej smrti v roku 1955. Bol prvým vedcom, ktorý vytvoril syntetické dejiny výtvarného umenia na Slovensku. Jan Hofman, Vladimír Wagner a Václav Mencl sú zapísaní v dejinách slovenskej pamiatkovej starostlivosti ako jej zakladateľské osobnosti a ich práce sú aj pre súčasníkov zdrojom poznatkov i inšpirácie.
Štátny referát na ochranu pamiatok na Slovensku dovŕšil svoju činnosť za pohnutých marcových udalostí v roku 1939, keď na nátlak fašistického Nemecka zanikla Československá republika. Pamiatkari českej národnosti Jan Hofman a Václav Mencl museli odísť do Protektorátu Čiech a Moravy. Kontinuita práce, hoci vplyvom vojnových čias výrazne oslabená, ostala však zachovaná. Agenda Štátneho referátu prešla na Pamiatkový referát Ministerstva školstva a národnej osvety v Bratislave a jeho vedúcim sa stal Vladimír Wagner. Významnou oporou v praktických, teoretických, organizačných i technických prácach súvisiacich s ochranou pamiatok sa stala Alžbeta Güntherová-Mayerová (1905 – 1973). Táto veľká znalkyňa umenia európskeho formátu pôsobila nielen ako pamiatkarka, ale aj ako pedagogička a múzejníčka. Napriek neskoršej nepriazni komunistickej vlády svojou prácou významne posunula poznanie slovenských dejín a slovenského umenia.
Prvoradými problémami v rokoch 1939 – 1945 bola ochrana pamiatok pred bombardovaním a priamymi bojovými akciami, ale aj pred nekontrolovaným vývozom pamiatok do Nemecka. Pri prechode frontu vznikli na pamiatkach mnohomiliónové škody, najväčšie v histórii Slovenska. Ďalšie nezmyselné škody sa napáchali pri rabovaní nestrážených objektov, na ktorých sa zúčastňovali vojaci i miestni obyvatelia. Vtedy utrpelo najmä zariadenie vidieckych šľachtických sídel, ktoré už nikdy nenadobudli svoj pôvodný lesk. Ich operatívna záchrana a zabezpečenie pred ďalším ničením bola prvá povojnová úloha, ktorej sa venovali pamiatkari v spolupráci s pracovníkmi múzeí, knižníc a archívov. Na správu objektov, ktoré boli skonfiškované Nemcom, Maďarom, kolaborantom a zradcom slovenského národa a ktoré mali vysokú historickú a umeleckú hodnotu, bol zriadený špeciálny správny orgán Národná kultúrna komisia (1946 – 1951). Jej úlohou bolo zabezpečiť obnovu kaštieľov, hradov a kláštorov, ktoré boli vyhlásené za štátny kultúrny majetok, a určiť im nové kultúrne využitie. Tento zámer sa nepodarilo zrealizovať pri všetkých objektoch. Celkové smerovanie štátu a spoločnosti sa totiž po komunistickom prevrate v roku 1948 úplne zmenilo. Niekdajšie sídla šľachty a cirkvi predstavovali starý feudálny a kapitalistický svet, ktorý nová ideológia vedome potláčala a likvidovala. Nové sociálne a hospodárske úlohy, ktoré priniesla povojnová obnova krajiny, štát nebol schopný plniť bez toho, aby siahol na súkromné vlastníctvo. Konfiškácia postihla aj vlastníkov pamiatok. V rukách štátu sa ocitli nesmierne kultúrne hodnoty, ktoré komunistická vládna moc využila po svojom. Zámky, kaštiele, kúrie a ich hospodárske budovy sa menili na sociálne a zdravotnícke ústavy, školy, byty, kancelárie nových orgánov štátnej moci. Ešte väčšie škody priniesla kolektivizácia a socializácia dediny, keď po vzore sovietskych kolchozov vznikli roľnícke družstvá a poľnohospodárske majetky, ktoré pre svoje hospodárske a výrobné potreby zaberali aj umelecky hodnotné objekty. Nevhodným využitím, utilitárnymi prestavbami a úpravami spôsobili nenahraditeľné škody a trvalý zánik ich pamiatkových hodnôt.
Aké bolo postavenie pamiatkarov počas socialistickej éry? Ochrana pamiatok patrila do kompetencie Odboru umenia, múzeí a ochrany pamiatok Povereníctva školstva, vied a umení (1948 – 1953). Tých niekoľko pracovníkov v Bratislave však nemohlo zabezpečiť systematickú ochranu obrovského pamiatkového fondu Slovenska. V roku 1948 bol výkon pamiatkovej starostlivosti zverený novoutvoreným regionálnym správnym orgánom – krajským národným výborom (KNV). Nepriaznivú situáciu v pamiatkovej starostlivosti na Slovensku to však nijak nezlepšilo. KNV totiž chýbali odborné kádre, ktoré by túto starostlivosť mohli kvalifikovane vykonávať. Zriadenie špecializovanej inštitúcie s kvalifikovaným tímom odborníkov bolo preto nevyhnutné. V marci 1951 bol konečne zriadený Pamiatkový ústav, a to výnosom povereníka pre školstvo, vedu a umenie L. Novomeského č. 9864 – I/5 z 15. 3. 1951, s účinnosťou od 1. januára 1951, ako odborný orgán pre vedeckú organizáciu ochrany, súpisu a výskumu kultúrnych a prírodných pamiatok a poradný orgán starostlivosti o pamiatky na Slovensku. Nositeľom výkonnej pamiatkovej starostlivosti zostali krajské a okresné národné výbory. Najdôležitejším počinom Pamiatkového ústavu, premenovaného na Slovenský pamiatkový ústav (1951 – 1958), bolo začatie prác na súpise pamiatok v roku 1954. Tím troch pracovníkov (umelecký historik, architekt, fotograf) prešiel postupne všetky slovenské obce a vykonal základný výskum hodnotných objektov. Základný výskum sa skončil v roku 1960. Bol podkladom na zostavenie oficiálneho zoznamu pamiatok Slovenska a stal sa aj cenným dokumentačným materiálom. Slovenský pamiatkový ústav pripravoval metodiku obnovy pamiatok, spolupracoval pri plánovaní pamiatkových akcií a vypracovával odborné podklady k územným a smerným plánom. Jeho pracovníci zároveň vykonávali výskum architektúry, posudzovali a schvaľovali projekty, sledovali, kolaudovali a zhodnocovali pamiatkové akcie. Reštaurátorské dielne, ktorých zriadenie, ako aj samotná činnosť si vyžadovali veľké investície, sa rodili veľmi ťažko. Kým prešli na samotné reštaurovanie pamiatok, odborníci tohto oddelenia vykonávali špeciálny výskum hnuteľných pamiatok a pripravovali podklady na reštaurovanie.
Vydaním nového zákona č. 7/1958 Zb. SNR o kultúrnych pamiatkach sa začala písať nová kapitola štátnej pamiatkovej starostlivosti s dôrazom na pojem „socialistická“. Pamiatková starostlivosť sa stala oficiálne proklamovaným záujmom socialistickej spoločnosti. Pamiatky boli rozdelené do osobitných kategórií (národné kultúrne pamiatky a mestské pamiatkové rezervácie) a vznikol štátny register pamiatok (štátne zoznamy nehnuteľných a hnuteľných pamiatok). Zvýšená pozornosť sa venovala pamiatkam revolučného robotníckeho a roľníckeho hnutia, dejinám Komunistickej strany Československa, Slovenského národného povstania a oslobodenia. Pokračovateľom Slovenského pamiatkového ústavu bol Slovenský ústav pamiatkovej starostlivosti a ochrany prírody (SÚPSOP, 1958 – 1981). Jeho pracovnou náplňou bol výskum, prieskum, dokumentácia, vedecké hodnotenie a popularizácia pamiatok, riešenie otázok teórie a praxe ochrany, konzervovania, obnovy a kultúrneho využitia pamiatok, poskytovanie odbornej a metodickej pomoci pri vykonávaní pamiatkovej starostlivosti, konzervovaní, obnove a kultúrnom využití pamiatok. Do činnosti ústavu bola zahrnutá aj ochrana prírody. Priamu zodpovednosť za obnovu a správu pamiatok niesli naďalej národné výbory, ktoré si zriadili vlastné odborné pamiatkové organizácie – krajské strediská štátnej pamiatkovej starostlivosti a ochrany prírody v Bratislave, Banskej Bystrici a Prešove (1960 – 1991).
Hlavnou úlohou SÚPOSP bol naďalej terénny výskum pamiatok, začatý v roku 1954. Jeho výsledkom bol štvorzväzkový Súpis pamiatok na Slovensku (1967 – 1978), dodnes najväčšie lexikálne vlastivedné dielo o pamiatkach na Slovensku. Najväčším úspechom SÚPSOP boli komplexné výskumy pamiatok (archeologický, historický, umeleckohistorický, architektonický, dokumentačný výskum), ktoré mali veľký vedecký prínos. Začala sa aj záchrana ľudovej architektúry na mieste vzniku a v skanzenoch. Dokončil sa výskum hnuteľných pamiatok v celej republike.
V roku 1981 došlo k ďalšej organizačnej zmene. Z ústavu bola vyčlenená ochrana prírody, z ktorej vzniklo Ústredie štátnej ochrany prírody. Na úseku ochrany pamiatok vzniklo Ústredie štátnej pamiatkovej starostlivosti. Reštaurovanie spolu s chemicko-fyzikálnym laboratóriom bolo sústredené do Štátnych reštaurátorských ateliérov (1981 – 1994). V Bratislave, Košiciach, Banskej Štiavnici, Levoči a Banskej Bystrici boli vybudované oblastné reštaurátorské ateliéry, ktorých hlavnou činnosťou bolo reštaurovanie kultúrnych pamiatok. Predchádzala mu odborná príprava, ktorú tvoril umeleckohistorický, chemicko-technologický a reštaurátorský výskum. Realizované reštaurátorské práce sa komisionálne sledovali a vyhodnocovali. Ateliéry sa zároveň venovali výskumu technológií, metód a teórie reštaurovania, realizovali podrobnú grafickú, fotografickú a RTG dokumentáciu.
Pokračovateľom činnosti SÚPSOP sa stal Štátny ústav pamiatkovej starostlivosti (ŠÚPS, 1981 – 1991). Novou organizačnou zložkou sa stalo samostatné archeologické pracovisko. Pracovalo sa aj na úlohách koncepčného charakteru, tvorila sa prognóza pamiatkovej starostlivosti do roku 2000, koncepcia ochrany, obnovy a využitia technických pamiatok, koncepcia starostlivosti o hnuteľné pamiatky, historickú zeleň, archeologické lokality a historicko-urbanistické súbory. Čoraz naliehavejšou sa stávala úloha budovania Ústredného zoznamu kultúrnych pamiatok a s ním súvisiaca úloha metódy a techniky evidencie kultúrnych pamiatok v automatizovanom registri. Legislatívne bola existencia Ústredného zoznamu kultúrnych pamiatok zakotvená v novom zákone o štátnej pamiatkovej starostlivosti č. 27/1987, ktorý bol platný od 1. 1. 1988 až do roku 2002. Začal sa pravidelne vyhotovovať prehľad skončených akcií obnovy. Zvýšená pozornosť sa venovala technickým pamiatkam.
Na konci 80. rokov 20. storočia mala ochrana pamiatok na Slovensku za sebou množstvo veľkých, priam monumentálnych pamiatkových akcií, ale aj množstvo menších obnov, vďaka ktorým sa z veľkej časti zachránilo nesmierne kultúrne bohatstvo krajiny. Je nevyhnutné priznať, že socializmus nepoznal nedostatok financií. Finančné rozpočty „schválených“, teda štátom podporovaných akcií, sa zvyšovali z roka na rok a opravy sa často predlžovali na celé desaťročia. Veľkým výkričníkom naďalej ostávali objekty stojace mimo záujmu oficiálnych vládnych kruhov, ale aj samotných vlastníkov. V rukách obcí, rôznych hospodárskych a poľnohospodárskych podnikov, ale aj iných štátnych zariadení a organizácií sa nachádzal majetok, ktorý nemal adekvátne využitie. Do objektov, ktoré sa nevyužívali „v záujme socialistickej spoločnosti“, sa neinvestovali nijaké finančné prostriedky. Osobitnú kapitolu predstavovali kostoly, mlčky trpené komunistickou mocou. Len ustavičné zdôrazňovanie nesmiernych historických a umeleckých hodnôt sakrálnych objektov a ich zariadenia prinútilo zainteresovaných činiteľov k ich obnove a reštaurovaniu. Hodnotenie metodických princípov socialistickej ochrany pamiatok je dnes diskutabilné. Zlepšenie technického stavu architektonických objektov totiž nie vždy znamenalo aj zachovanie všetkých pamiatkových hodnôt. Nedostatok kvalifikovaných remeselníkov, obmedzené množstvo podnikov špecializovaných na rekonštrukčné práce, používanie dostupných materiálov a typizovaných prvkov, ale aj utilitárne zásahy vyplývajúce z nového využitia stavieb, viedlo k narušeniu či úplnému zániku konštrukcií i architektonických a výtvarných prvkov.
Spoločensko-politické udalosti z novembra 1989 („zamatová revolúcia“) vyústili do zmien, ktoré zasiahli aj pamiatkovú starostlivosť. Praktické problémy prinieslo nové štátoprávne usporiadanie (vznik Slovenskej republiky v roku 1993) a ďalšie legislatívne zmeny. Obavy z budúcnosti sa prejavili v konkrétnej práci pamiatkarov. Kým časť pracovníkov bola mimoriadne pracovne vyťažená, časť ostala voči zmenám ľahostajná a nebola ochotná aktivizovať sa nad dlhoročne prijímaný štandard. Hľadanie správnej cesty bolo dlhodobým procesom, ktorý neznamenal vždy len kvalitatívne zlepšenia. Naopak, ochrana pamiatok sa v spleti ekonomicko-politických problémov posúvala na okraj záujmu spoločnosti.
Ministerstvo kultúry Slovenskej republiky už v polovici roka 1991 zastavilo všetky akcie obnovy kultúrnych pamiatok. Socialistický spôsob financovania rekonštrukcií pamiatkových objektov bol nenávratne preč. Nový vhodný model investovania pamiatkových obnov sa hľadal ešte ďalšie desaťročie. Vyjadrením neschopnosti štátu riešiť problematiku kultúrneho dedičstva Slovenska v zmenených politických, spoločenských a ekonomických podmienkach bol aj organizačný a koncepčný chaos v zriaďovaní pamiatkových orgánov. V priebehu desiatich rokov postupne vznikli štyri organizácie s rôznymi štatútmi, rôznou kompetenciou a rôznou organizačnou štruktúrou.
Prvou porevolučnou inštitúciou bol Slovenský ústav pamiatkovej starostlivosti (1991 – 1994). V dôsledku zmien vo verejnej správe bolo 21 regionálnych pamiatkových pracovísk delimitovaných do tohto ústavu ako jeho organizačné zložky. Pôvodný plán hlavných úloh sa musel upraviť a celá činnosť sa sústredila na organizačné zmeny. Zlúčením Slovenského ústavu pamiatkovej starostlivosti so Štátnymi reštaurátorskými ateliérmi vznikol Pamiatkový ústav (1994 – 1996). Jeho nová riaditeľka PhDr. Katarína Kosová prišla s novou koncepciou ochrany pamiatkového fondu, ktorá nadviazala na najlepšie idey pôvodného Pamiatkového ústavu z 50. rokov 20. storočia. Hlavnou filozofiou Pamiatkového ústavu bolo prehĺbenie odbornej starostlivosti o kultúrne pamiatky Slovenska. Tá sa začala realizáciou metodických materiálov týkajúcich sa popisu kultúrnych pamiatok a pamiatkových objektov, ochrany ich výtvarnej a umelecko-remeselnej výzdoby a pasportizácie hnuteľných pamiatok.
Vyjadrením snahy novej vlády od základov reorganizovať rezort Ministerstva kultúry a cestovného ruchu SR bol vznik národných metodických centier, ktoré začali vznikať v roku 1996 pre všetky oblasti kultúry. Ochrana pamiatok bola sústredená do Národného pamiatkového a krajinného centra (1996 – 1999). Hlavným predmetom činnosti naďalej ostala príprava podkladov o obnove pamiatok pre rozhodnutia orgánov štátnej správy a realizácia vybraných reštaurátorských akcií. K týmto tradičným úlohám pribudla činnosť súvisiaca s ochranou krajiny pred nežiaducimi civilizačnými zásahmi človeka a príprava podkladov na územno-plánovaciu dokumentáciu krajiny mimo pamiatkovo chránených území.
Tento neudržateľný model pamiatkovej starostlivosti bol zrušený a vo februári 1999 vznikol opäť Pamiatkový ústav (1999 – 2002) s novým štatútom a novou organizačnou štruktúrou. Hlavnými úlohami Pamiatkového ústavu bolo zabezpečovať odborné činnosti súvisiace s ochranou, obnovou, zachovaním, využívaním, sprístupnením a prezentovaním kultúrnych pamiatok a pamiatkovo chránených území, viesť evidenciu pamiatok a pamiatkových území v Ústrednom zozname kultúrnych pamiatok, reštaurovať vybrané kultúrne pamiatky a iné umelecké diela, viesť špecializovaný archív a pri plnení týchto úloh spolupracovať s partnerskými organizáciami doma i v zahraničí. Svoju funkciu naďalej plnili aj regionálne strediská v Bratislave, Trnave, Nitre, Trenčíne, Banskej Bystrici, Žiline, Prešove a Košiciach, ako aj oblastné reštaurátorské ateliéry v Bratislave, Banskej Bystrici a v Levoči.
Potreba nového pamiatkového zákona, ktorý by reflektoval zmeny v spoločnosti i zmeny vo filozofii pamiatkovej starostlivosti, sa nástojčivo prejavovala pri riešení koncepčných, ale aj každodenných problémov pri ochrane pamiatok. Záverečné obdobie Pamiatkového ústavu ako odborno-metodickej inštitúcie sa preto nieslo v duchu príprav nového zákona. Posledné mesiace boli ovplyvnené transformáciou Pamiatkového ústavu na Pamiatkový úrad SR, ktorá znamenala zásadnú premenu v jeho právnom postavení. Zánikom Pamiatkového ústavu (31. 3. 2002) sa uzavrela jedna dlhá kapitola dejín ochrany pamiatok na Slovensku, ktorá sa začala písať v polovici 19. storočia, metodicky sa formovala v období prvej Československej republiky a svoje vrcholy prežívala v čase socialistickej pamiatkovej starostlivosti.