Zmena spoločenských pomerov v Česko-Slovensku po roku 1989 sa prejavila aj v oblasti kultúry vrátane múzeí, galérií a celého múzejníctva. Demokratizácia pomerov a vstup názorového a politického pluralizmu do života spoločnosti vytvoril kvalitatívne nové podmienky na rozvoj všetkých múzejných činností, najmä však v oblasti nadobúdania zbierok a prezentačných aktivít. Zodpovednosť za činnosť múzeí a galérií začala byť plne na vedení jednotlivých inštitúcií, kde sa v mnohých prípadoch prejavila ich odborná a profesionálna pripravenosť a erudovanosť. Štát v tomto období redukoval svoju úlohu len na zabezpečenie financovania múzeí a galérií a kontrolu použitých financií. Začali sa koncepčné zmeny v organizácii a riadení múzejníctva, najmä cez vytváranie takého legislatívneho prostredia pre múzeá a galérie, ktoré v plnej miere akceptovalo spoločensko-politické zmeny v krajine. Zároveň sa jasne stanovilo poslanie, úloha a význam múzeí a galérií v oblasti ochrany kultúrneho dedičstva a jeho využitia vo verejnom záujme.
V roku 1990 väčšina múzeí a galérií prešla zo zriaďovateľskej právomoci regionálnych štruktúr predchádzajúceho komunistického režimu (tzv. národných výborov) do zriaďovateľskej právomoci Ministerstva kultúry SR. Bola to však dobrá centralizácia. Prechod múzeí a galérií do priameho riadenia Ministerstva kultúry SR celkom isto uchránilo mnohé múzeá pred skorým zánikom alebo radikálnou a okamžitou redukciou ich činností smerujúcou k premene plnohodnotných múzeí na múzejné zariadenia vykonávajúce len prezentačné aktivity bez zbierkotvornej činnosti a odbornej správy zbierkových fondov. Tento stav, keď viac ako 90 percent múzeí a galérií riadilo Ministerstvo kultúry SR, trval do roku 1996.
V období 1996 – 2002 Ministerstvo kultúry SR skúšalo zaviesť iný model riadenia štátnych kultúrnych organizácií na Slovensku, ktorý sa však ukázal ako „slepá ulička“. Experiment sa skončil v roku 2002 – v súvislosti s decentralizáciou štátnej správy, keď väčšina regionálnych múzeí a galérií prešla do zriaďovateľskej pôsobnosti samosprávnych krajov a na druhej strane najmä špecializované múzeá prešli pod rôzne ministerstvá, napr. Ministerstva životného prostredia SR (Slovenské banské múzeum v Banskej Štiavnici, Slovenské múzeum ochrany prírody a jaskyniarstva v Liptovskom Mikuláši) a Ministerstva pôdohospodárstva (Múzeum vo Svätom Antone – špecializácia na poľovníctvo, Lesnícke a drevárske múzeum vo Zvolene). Po prijatí zákona o obecnom zriadení mohli byť zriaďovateľmi múzeí a galérií aj obce. Túto možnosť využilo len mesto Bratislava, ktoré opäť prevzalo Mestské múzeum a Galériu mesta Bratislavy. Pod správou mesta zostalo aj Múzeum J. Kráľa v Liptovskom Mikuláši. Možnosť zriaďovať múzeá a galérie využili niektoré obce na zakladanie nových inštitúcií. V rozpočtoch miest však stále na takýto „luxus“ chýbali a chýbajú peniaze, a preto je na Slovensku veľmi málo takýchto múzeí. Narastá však počet múzeí, ktoré si zriaďujú firmy, podniky či fyzické osoby.
K stabilizácii postavenia múzeí a galérií v spoločnosti a v systéme kultúry, ako aj k odstraňovaniu negatívnych vplyvov zmien na sieť múzeí a galérií vo veľkej miere prispelo prijatie Zákona NR SR č. 115/1998 o múzeách a galériách a o ochrane predmetov múzejnej hodnoty a galerijnej hodnoty.
Demokratické zmeny na Slovensku, ktoré po roku 1990 otvorili aj pre múzeá a galérie nový priestor na iniciatívu a plnú profesionalitu výkonov vo všetkých odborných činnostiach už bez stáleho ideologického tlaku a vždy prítomného štátneho dozoru, nesprevádzalo dostatočné finančné zabezpečenie potrebné na rozvoj ich činnosti. Dramatické zmeny v ekonomike Slovenska pri prechode od plánovitého hospodárstva k voľnému trhu znamenali prudký pokles životnej úrovne krajiny. Z toho vyplývajúce nedostatočné finančné zabezpečenie múzeí a galérií v rokoch 1990 ─ 2000, ktoré sa nedarilo kompenzovať ani zvyšovaním vlastných príjmov, nútilo múzeá a galérie k redukcii výkonov v základných múzejných činnostiach. Poddimenzované financovanie múzeí a galérií sa negatívne prejavilo na celkovom stave múzejníctva na Slovensku v tomto čase, čo znamenalo redukciu výkonov vo všetkých odborných činnostiach.
Nárast hospodárskej výkonnosti krajiny v najmä v druhej polovici minulého desaťročia umožnilo zriaďovateľom múzeí – teda predovšetkým štátu, územnej samospráve či mestám a obciam opätovne investovať do múzejnej infraštruktúry či rozvoja múzejných činností. Opäť sa začali nakupovať predmety kultúrnej hodnoty do zbierok múzeí a galérií, na mnohých miestach prebiehajú potrebné zmeny v stálych expozíciách, pripravujú sa čoraz náročnejšie a výpravnejšie výstavy, množia sa muzeálne aktivity a projekty určené deťom a mládeži. Štát zainvestoval do celkovej obnovy Bratislavského hradu – sídla Historického múzea SNM, mesto Bratislava komplexne zrekonštruovalo budovu radnice a priľahlé objekty pre potreby Múzea mesta Bratislavy. V Kremnici Národná banka Slovenska investovala do obnovy Múzea mincí a medailí. Zásadným zlomom v dobudovaní mnohých múzeí a galérií (ale aj v kultúrnej infraštruktúre ako celku) v SR však nastal s otvorením štrukturálnych fondov Európskej únie. V období rokov 2007 – 2015 prešli mnohé ďalšie múzeá významnými rekonštrukciami a boli do nich investované, na slovenské pomery významné čiastky. Medzi najvýznamnejšie obnovy v tejto oblasti patria: Hlavná budova Východoslovenského múzea v Košiciach, Ponitrianske múzeum v Nitre, Budatínsky zámok v Žiline a renesančný sobášny palác v Bytči – oba objekty v správe Považskeho múzea v Žiline, kaštieľ múzea v Sv. Antone, Päťhranná veža Bojnického zámku – Slovenské národné múzeum v Bojniciach, Múzeum Andreja Kmeťa v Martine – prvá budova SNM, rekonštrukcia skladu soli v Solivare Prešov, ktorý patrí Slovenskému technickému múzeu, Madáčov kaštieľ v Dolnej Strehovej, renesančný palác hradu Stará Ľubovňa a desiatky ďalších. S obnovou sídiel múzeí a galérií súvisí aj výmena starých expozícií, ktoré nahradili väčšinou moderné múzejné prezentácie, znesúce náročnejšie kritériá. Expozícia o dejinách Slovenska a Slovákov, ktorá by mala byť už niekoľko rokov v Historickom múzeu SNM na Bratislavskom hrade však ešte stále chýba…