Zmena spoločenských a politických pomerov po páde komunistického režimu v novembri 1989 priniesla aj zásadnú premenu vnímania kinematografie. Rýchly vývin spoločenskej reality predbehol filmovú tvorbu a viaceré rozpracované filmy „zostarli“ takmer zo dňa na deň. Monopolný systém štátu sa začal postupne rozpadávať a slovenský film sa ocitol v tej sfére kultúry, ktorej produkčná aj distribučná základňa mala začať fungovať na princípe voľnej podnikateľskej súťaže.
Majetok štátu vo filmových podnikoch bol zaradený do privatizácie ako prvý v celej oblasti kultúry a kultúrneho priemyslu. No kým Slovenská požičovňa filmov ako distribučný podnik prešla relatívne rýchlou privatizáciou, tak majetok výrobného podniku Slovenská filmová tvorba Bratislava-Koliba sa ocitol vo sfére politických vplyvov a skupinových ekonomických záujmov. Aj napriek tomu, že podnik už v roku 1991 nedostal žiadne prevádzkové dotácie zo štátneho rozpočtu a jeho majetok bol zaradený do kupónovej privatizácie, trvalo potom ešte päť rokov, kým sa zmena vlastníctva napokon uskutočnila, aj to pod výrazným politicko-ekonomickým vplyvom. Dôsledkom bol postupný rozpad a likvidácia filmových technológií aj profesionálneho zázemia filmovej tvorby na Slovensku.
Zásadné zmeny v štruktúre kinematografie na Slovensku priniesol až rok 1991, po ktorom nastalo ekonomické, inštitucionálne aj obsahové osamostatnenie slovenského filmu od štátneho monopolu. Na Slovensku v tom roku vznikli alebo začali pôsobiť prvé súkromné filmové spoločnosti. Ako samostatná inštitúcia vznikol Slovenský filmový ústav (SFÚ) – Národné kinematografické centrum, ktorý zostal jedinou štátnou inštitúciou pôsobiacou v oblasti kinematografie a vo svojom základnom právnom, ekonomickom aj organizačnom nastavení z roku 1991 funguje dodnes. Okrem filmového archívu, knižnice a dokumentácie prevzal aj práva na slovenské filmy vyrobené v podmienkach štátneho monopolu a začal fungovať ako hlavné prezentačné stredisko slovenskej kinematografie a audiovizuálnej kultúry.
V období po roku 1990 sa slovenský film ocitol pred požiadavkou po prvý raz vo svojej histórii riešiť zásadnú systémovú zmenu, začleniť sa do kontextu medzinárodnej tvorivej aj producentskej spolupráce a zároveň objektívne zhodnotiť svoj dovtedajší vývin. Okrem systémovej premeny v oblasti financovania kinematografie a premyslenej koncepcie technologického a investičného rozvoja bola potrebná aj určitá miera sebareflexie na to, aby slovenský film pomenoval svoje reálne možnosti aj hodnotovú orientáciu na ďalšiu existenciu a rozvoj. Rozsah požiadaviek, ktoré bolo treba v krátkom čase riešiť, bol taký veľký a rozsah reálnych skúseností aj subjektívnych schopností taký malý, že nevyhnutným výsledkom toho stavu bola diskontinuita filmovej tvorby a produkcie na Slovensku.
Štát na podporu filmovej produkcie takmer rezignoval a filmovú distribúciu aj kiná ponechal na trhové prostredie. V dôsledku toho na Slovensku zanikla väčšina kín a distribučný priestor rýchlo zaplnili veľké americké spoločnosti a ich produkty. Alternatívou v tejto oblasti zostala len Asociácia slovenských filmových klubov a až v nasledujúcom desaťročí sa k nej pridalo niekoľko nezávislých distribučných spoločností s orientáciou na tzv. artové filmy a ich distribúciu na Slovensku.
Produkcia dlhometrážnych filmov dosahovala na Slovensku v 80. rokoch v priemere desať až dvanásť hraných filmov ročne (k tomu ešte početná dokumentárna a animovaná tvorba a asi desiatka filmov či seriálov vyrobených pre Slovenskú televíziu). V druhej polovici 90. rokov a na začiatku nového tisícročia tento počet klesol na jeden až dva hrané filmy ročne uvedené v kinách. Animovaná tvorba zanikla takmer úplne, spravodajské filmové týždenníky prestali existovať a uvoľnili priestor aktuálnemu televíznemu spravodajstvu. V niektorých rokoch dokonca nebol v kinách uvedený ani jeden nový slovenský film. Paradoxom tohto obdobia je, že zároveň s radikálnym poklesom tvorby došlo k vstupu Slovenska do medzinárodných európskych programov a podporných štruktúr (fond Rady Európy Eurimages, program MEDIA) a k ratifikácii európskych dohovorov o filmovej koprodukcii a o ochrane audiovizuálneho dedičstva za Slovenskú republiku. Štát tak na jednej strane oficiálne zabezpečil začlenenie slovenského filmu do európskeho kontextu, no zároveň nevytvoril dostatočné predpoklady na to, aby sa slovenská kinematografia v tomto kontexte stala rovnocenným partnerom.
Ak po roku 1989 prestali byť pre slovenský hraný film nedostupné niektoré dovtedy tabuizované či cenzúrou kontrolované témy, tak zároveň sa stali viaceré témy nedostupné z hľadiska realizačného aj tvorivého. Do relatívne populárneho trendu „ostalgie“ v európskej kinematografii sa slovenský film okrem pôsobivej dokumentárnej eseje Papierové hlavy (1995, réžia Dušan Hanák) zaradil až v roku 2007 iba filmom Muzika (réžia Juraj Nvota), ktorý až po osemnástich rokoch od pádu bývalého režimu prináša tému života v ňom. Neskôr Juraj Nvota v tejto tematickej orientácii pokračoval aj filmami eŠteBák (2012) a Rukojemník (2014).
Kreatívnym vrcholom slovenského hraného filmu 90. rokov sa stali filmy režiséra Martina Šulíka Všetko čo mám rád (1992), Záhrada (1995), Orbis Pictus (1997) a Krajinka (2000). Šulík postupne vyzrel na filmového tvorcu s vlastným autorským štýlom aj poetikou a stal sa dominujúcou osobnosťou slovenského filmu deväťdesiatych rokov. Priniesol dôraz na významový detail, pútavú hru s jednotlivými motívmi a symbolmi aj navonok nenápadný, no dôsledný ponor do pocitového sveta postáv a ich vzťahov. Šulík hľadá významy a metafory v drobných motívoch, situáciách a replikách, z ktorých skladá dôslednú a emotívne sugestívnu mozaiku témy. Skutočnosť sa v jeho filmoch prirodzene prelína s fikciou a zobrazenie sveta s jeho výraznou autorskou reflexiou.
Po roku 2000 sa do kontextu slovenského hraného filmu dostáva nový trend, reprezentovaný najmä začínajúcimi režisérmi ponovembrovej generácie – „lifestylový“ mestský film. Filmy novej generácie si nekladú za cieľ prinášať osobnostné svedectvo o svete, spoločnosti či človeku. Chcú zaujať najmä pocitom, zabaviť niektorými žánrovými prvkami alebo ponúknuť známe reálie a motívy „novej doby“. Dôraz pritom kladú na klipovité striedanie motívov a na viaceré vonkajškové znaky súčasného sveta. Do toho neoddeliteľne patrí trochu žánrových prvkov thrilleru či iného akčného žánru, ľahkej komédie, muziky či erotiky alebo nenápadné odkrývanie homosexuality. Filmy Hana a jej bratia (2001, réžia Vladimír Adásek), Vadí nevadí (2001, réžia Eva Borušovičová), O dve slabiky pozadu (2004, réžia Katarína Šulajová) či Polčas rozpadu (2007, réžia Vladimír Fischer) vonkajšími znakmi pripomínajú niektoré súčasné české diela z vlny komerčne úspešných filmov, no na rozdiel od nich nedosiahli ani zďaleka taký divácký ohlas. Postupný návrat divákov do kín na slovenský film priniesli niektoré filmy na prelome rokov 2007 a 2008 (Polčas rozpadu, Muzika) a výrazný divácky úspech zaznamenal až historický veľkofilm Juraja Jakubiska Bathory (2008), ktorý sa v medzinárodnej koprodukcii (Slovensko, Česká republika, Maďarsko, Veľká Británia) stal najdrahším projektom v doterajšej histórii slovenskej kinematografie.
Popri hodnotovo vyváženom dramatickom filmovom tvare, ktorý reprezentujú historické filmy Miloslava Luthera Anjel milosrdenstva (1993) a Útek do Budína (2002), s iným pohľadom na realitu a čiastočne aj na film do slovenského kontextu koncom 90. rokov a po roku 2000 prichádzajú najmä českí alebo iní zahraniční režiséri a koproducenti: Vladimír Michálek – Je třeba zabít Sekala (1998), Alice Nellis – Výlet (2002) a Tajnosti (2007), Ivan Vojnár – Lesní chodci (2003), Ivan Fíla – Kráľ zlodejov (2003), Michaela Pavlátová – Neverné hry (2003), Ondřej Trojan – Želary (2003), Petr Zelenka – Příběhy obyčejného šílenství (2005), Jan Švankmajer – Šílení (2005), Jiří Menzel – Obsluhoval jsem anglického krále (2006), Jiří Vejdělek – Roming (2007), Dariusz Jablonski – Jahodové víno (2007). Pri väčšine z týchto filmov však ide skôr o menšinový kreatívny aj finančný príspevok slovenského filmového kontextu, než o prejav jeho samostatného tvorivého alebo producentského potenciálu. Výnimkou je film Sokoliar Tomáš (2000), ktorý nakrútil český režisér Václav Vorlíček podľa historickej povesti slovenského spisovateľa Jozefa Cígera-Hronského. V koprodukčnej spolupráci s českými, poľskými, maďarskými a francúzskymi partnermi sa tak slovenská kinematografia vrátila k línii divácky úspešných rodinných filmov s tematickým základom v slovenskej literatúre. Vďaka medzinárodnej koprodukcii sa Sokoliar Tomáš stal aj napredávanejším slovenským filmom do zahraničia po roku 1989.
Slovenský film po zmene spoločenského a politického režimu v roku 1989 zaznamenal systémové zlomy aj kreatívne úspechy. Medzi ne patrí nielen dodatočné ocenenie filmov uvoľnených zo socialistických trezorov (viaceré diela Dušana Hanáka, Juraja Jakubiska či Petra Solana), ale aj úspechy nových filmov skúsených režisérov (Dušan Hanák, Miloslav Luther) a mladšej generácie (Martin Šulík). Po roku 2000 nastal aj citeľný vzostup nezávislej dokumentárnej tvorby, ktorá vstúpila do medzinárodného kontextu najmä pozoruhodnými cestopisnými filmami Pavla Barabáša, dlhometrážnym dokumentom režiséra Mateja Mináča Sila ľudskosti – Nicholas G. Winton (2002, medzinárodná cena Emmy Award za najlepší dokumentárny film) a inscenovaným dokumentom Juraja Lehotského Slepé lásky (2008, cena CICAE Award for Art Cinema na MFF Cannes). Mladá generácia filmových dokumentaristov (Peter Kerekes, Jaroslav Vojtek, Marko Škop, Juraj Lehotský a ďalší), ktorá vyrástla na bratislavskej Filmovej a televíznej fakulte VŠMU, svojou tvorbou dokazuje, že v podmienkach nezávislej produkcie môžu vznikať tematicky aj filmársky vyspelé diela. Postupnú obrodu tvorivých talentov zaznamenal aj animovaný film. Postupne sa tak vytvorili predpoklady pre zavŕšenie dlhodobého procesu systémových zmien v slovenskej kinematografii vznikom Audiovizuálneho fondu v roku 2009 a pre jej následný tvorivý aj producentský rozvoj v nasledujúcom desaťročí.