Zatiaľ čo nepokojné roky raného novoveku charakterizovala skôr obmedzená a profánna stavebná aktivita, obdobie po porážke tureckých vojsk pri Viedni v roku 1683 možno označiť za veľký návrat náboženských tém do umenia vrátane architektúry. Také tematické zameranie súviselo s rekatolizáciou krajiny a investíciami katolíckej cirkvi do výstavby nových kostolov a kláštorných komplexov, ktorých súčasťou boli často priestory vzdelávacích inštitúcií škôl, kolégií či univerzít. Medzi najaktívnejších stavebníkov na území Slovenska patrili rehole jezuitov, piaristov a františkánov, ale významné stavby realizovali aj ďalšie rehoľné rády. Baroková architektúra pôsobivých priestorových riešení a na ornament bohatých foriem prenikala na Slovensko priamo z najvýznamnejších centier akými bol Rím či Viedeň. Jedným z prvých diel, ktoré do nášho prostredia priniesli novú koncepciu chrámového priestoru vychádzajúcu z princípov Tridentského koncilu bol Kostol sv. Jána Krstiteľa v Trnave (1629 – 1637). Práve tu sa po prvý raz realizovala priestorová kompozícia s priestrannou pozdĺžnou sieňou zaklenutou valenou klenbou s lunetami a sériou bočných kaplniek, nad ktorými boli umiestnené oblúkové okná zabezpečujúce prílev denného svetla do chrámu. Za predobraz takého riešenia možno považovať jezuitský kostol Il Gesu v Ríme, kde sa sieňová koncepcia s nevýraznou priečnou loďou realizovala prvý raz. Pri stavbe trnavského kostola však jeho stavitelia reagovali na lokálny kontext a miestnu tradíciu a od výstavby priečnej lode úplne upustili. Od rímskeho vzoru sa líšilo aj priečelie kostola, kde k základnému štítu s tympanónom pribudla dvojica bočných veží. Takmer rovnaké riešenie použili v tom istom čase aj pri výstavbe Kostola sv. Františka Xavierskeho vo Viedni (1627 – 1631). Je teda zrejmé, že priama väzba na viedenské kultúrne prostredie bola predsa len silnejšia ako vzdialenejšie talianske vzory. Pri barokovej architektúre bola úprava interiéru, nástenné maľby, sochárska výzdoba i mobiliár programovo súčasťou architektonickej koncepcie. Inak to nebolo ani v prípade trnavského kostola. Členité rímsy, plastický omietkový ornament ako aj fresky s motívmi zo života sv. Jána Krstiteľa podčiarkovali priestorové riešenie a smerovali pozornosť veriacich k bohato dekorovanému hlavnému oltáru. Trnavský Kostol sv. Jána Krstiteľa sa považuje za najvýznamnejšie dielo rekatolizačnej architektúry v Uhorsku a slúžil ako vzor pre výstavbu celého radu ďalších kostolov v krajine.
Kostol sv. Jána Krstiteľa má súčasne prívlastok univerzitný. Krátko po jeho dokončení totiž jezuiti s podporou arcibiskupa Petra Pázmaňa (Pázmánya) založili v Trnave univerzitu, ktorá v meste sídlila vyše sto rokov. S fungovaním univerzity sa spája celková stavebná konjunktúra Trnavy sprevádzaná výstavbou radu kostolov a kláštorov, ale najmä realizácia celého komplexu budov v bezprostrednom susedstve univerzitného kostola. Univerzitný areál pozostával z niekoľkých vzájomne prepojených budov kolégia, gymnázia, seminárov a konviktov a svojou monumentálnou mierkou dodnes dominuje urbanistickej štruktúre v historickom jadre mesta.
Podobný komplex kolégia a univerzitného kostola postavili o niekoľko rokov neskôr, po založení tamojšej univerzity, aj v Košiciach. Priestorový rozvrh aj výzdoba Kostola Najsvätejšej Trojice (1671 – 1684) ako aj pôdorysné usporiadanie celého areálu reaguje na trnavský vzor a súčasne predstavuje jeden z prvých prienikov barokového jezuitského staviteľstva na východné Slovensko.
Súčasťou protireformačného misijného pôsobenia jezuitov či piaristov bolo spojenie liturgie s výučbou, ktoré sa premietlo do budovania kláštorných komplexov, ktorých súčasťou boli aj školy. Rovnako to však mohli byť aj nemocnice či iné sociálne zamerané inštitúcie. Je pre ne typické usporiadanie do pravidelných pravouhlých blokov s vnútorným nádvorím a ortogonálnym systémom chodieb. Bolo charakteristické aj ich umiestnenie v mestskej štruktúre. Najčastejšie ich nájdeme na námestiach alebo na krížení významných komunikácií, kde obsadzujú plochu celého mestského bloku, resp. jeho podstatnú časť. Medzi architektonicky najhodnotnejšie patria Kostol sv. Františka Xavierskeho s kolégiom jezuitov v Trenčíne (1653 – 1662), rozsiahly stavebný komplex kláštora piaristov s kostolom, kolégiom, konventom a školskými budovami v Nitre (1701 – 1742) či Bazilika Sedembolestnej Panny Márie v Šaštíne-Strážach s kláštorným komplexom Paulínov (1733), ktorej ústredný oltár z červeného mramoru navrhol vtedajší hlavný architekt Uhorskej komory Franz Anton Hildebrandt (1719 – 1797). Práve tento významný viedenský staviteľ bol aj autorom tereziánskej prestavby bratislavského hradu, kráľovskej sýpky a podieľal sa aj na prestavbe viacerých bratislavských palácov.
Ďalším slávnym architektom, ktorý sa preukázateľne podieľal na šírení barokového slohu taliansko-rakúskej proveniencie na území Slovenska bol Franz Anton Pilgram (1699 – 1761). Jeho pôsobenie je úzko spojené s ostrihomským arcibiskupom Imrichom Esterházim (Eszterházym), ktorý Pilgrama pozval do Bratislavy. Vo vtedajšom korunovačnom meste Pilgram navrhol niekoľko budov a kláštorných komplexov. Najvýznamnejším z nich je kláštor alžbetínok s Kostolom sv. Alžbety (1743), ktorý je riešený ako bohato dekorovaný jednoloďový priestor s priečelím s dynamicky poprehýbanými rímsami a jednou centrálne umiestnenou vežou. Mimoriadne výtvarné hodnoty má aj baroková prestavba biskupskej katedrály v Nitre, ktorú Pilgram realizoval v 50. rokoch 18. storočia. Jeho najväčším dielom na našom území však nepochybne bola stavba Kostola sv. Jána Krstiteľa a kláštora premonštrátov vo východoslovenskom Jasove (1750 – 1766). Výstavbou rozsiahleho komplexu poveril Pilgrama tamojší prepošt Andrej Sauberer, ktorý sa tak zaslúžil o radikálne povznesenie tohto miesta nielen v hmotnom ale aj v duchovnom zmysle. Architekt navrhol nový komplex ako symetrickú kompozíciu s dvoma pravouhlými nádvoriami konventu a prelatúry po bokoch centrálne umiestneného chrámového jednolodia. Na stavbu nadväzovala rozsiahla kláštorná záhrada upravená do pravidelných geometrických foriem v zmysle francúzskeho baroka. V bohato dekorovanom interiéri kostola aj na jeho priečelí uplatnil Pilgram prvky dynamického baroka, prelamované kládie, konvexne zakrivený rizalit či nástenná maľba kupoly vytvárajúca ilúziu stropu otvoreného do neba. Jasovský kláštor je ojedinelým príkladom uplatnenia modelu veľkých kláštorných komplexov na území Uhorska a pozoruhodným dokumentom prieniku radikálneho rakúskeho baroka na naše územie.
Podobný vplyv dynamizujúceho rakúskeho baroka, aj keď v oveľa menšej mierke, nachádzame napríklad aj na Kostole sv. Trojice v Bratislave (1717 – 1725). Dynamicky modelovaný centrálny priestor je zavŕšený iluzívnou freskou v kupole a premieta sa aj do konvexne zakriveného priečelia s dvojicou nízkych bočných veží.
Neoddeliteľnou súčasťou procesu rekatolizácie bol aj prienik symbolov katolíckych cirkevných obradov do verejného priestoru. V spojení s poznatkami o perspektíve, ktoré priniesli barokoví tvorcovia do architektúry, tak drobné stavby, ako kalvárie, kaplnky pri cestách, božie muky, morové a mariánske stĺpy podstatne ovplyvnili širšie panoramaticko-priestorových vzťahy v mestách i v krajine. Kalvárie, budované na návršiach ako séria dvanástich zastavení Krista pri výstupe na Golgotu, však neboli len pôsobivými prvkami krajinnej architektúry, ale najmä pútnickými miestami, ktoré mali prostému veriacemu ľudu čo najautentickejšie sprostredkovať jedno z mystérií katolíckej viery. Najviac ich postavili v 18. storočí a medzi najpozoruhodnejšie patria kalvárie v Banskej Štiavnici, Prešove či Košiciach.